Mănăstirea Popăuţi este o mănăstire de călugări ctitorită în anul 1496 de către domnitorul Ştefan cel Mare.Lângă biserică s-a aflat un palat domnesc în care poposea Ştefan cel Mare în drumul său spre Curtea domnească din Hârlău. În anul 1751, Biserica Popăuţi a fost transformată în mănăstire de călugări, fiind construit cu acest prilej un zid de piatră care înconjura incinta.

Biserica din Popăuţi este construită în stilul moldovenesc, acest lucru fiind vizibil atât în planul şi dispunerea încăperilor bisericii, cât şi în sistemul de construcţie a turlei naosului şi a decoraţiunilor exterioare.

Legea secularizării averilor mănăstireşti din 1863 a deteriorat in mare parte biserica, astfel ca in anul 1897 primaria decide inchiderea bisericii. În anul 1991, mitropolitul Daniel Ciobotea al Moldovei şi Bucovinei a reînfiinţat Mănăstirea Popăuţi, care a fost populată cu călugări abia în 1996.