In perioada reformelor religioase ale lui Luther si Calvin, credincioșii catolici din Marghita au trecut la calvinism și biserica romano-catolică se transformă în biserica reformată - calvină.  Biserica a fost reparată și mărită în perioada principilor Rákóczi, dar și mai târziu, până în zilele noastre. La transformări și reparații a constribuit și Susana Lórántffy, soția principelui Transilvaniei, Gheorghe Rákóczi I.

Clopoțnita veche a fost schimbată în 1842. Acoperișul de șindrilă s-a schimbat în 1908, iar turnul a ajuns la forma de azi abia în anul 1944. Reparații interioare și exterioare s-au efectuat în perioada 1965–1976. În prezent Biserica Reformată din Marghita are 700 de locuri, 3 clopote și o orga, cu 12 registre, acestea datând din anul 1860.